クリニックは個人経営、医療法人、非営利型一般社団法人(クリニックは非営利型の形態を採る)がありますが、ここでは、医療法人、非営利型一般社団法人の法人形態を前提にご説明します。
法人税
法人の所得に対して課される税です。医療法人(ただし社会医療法人、特定医療法人を除く)、非営利型一般社団法人で税率など基本的に相違はありません。ただし、非営利型一般社団法人では法人税法上の収益事業にのみ課税され、非収益事業には課税されません。医療・保険業は収益事業に該当しますので、クリニックである非営利型一般社団法人は、収益事業に関しては医療法人と同じく、法人税の申告が必要です。
都道府県民税・市町村民税
法人と個人に課される住民税です。医療法人、非営利型一般社団法人で基本的に相違はありません。
事業税
法人と個人が行う事業の所得に対して都道府県が課す税金です。医療法人に対して、非営利型一般社団法人の方が法人事業税の税率が高くなります。なお、クリニックが医療法人あるいは非営利型一般社団法人(クリニックは通常こちらの形態)で行う社会保険診療に対して事業税は非課税となります。
消費税
商品・製品の販売やサービスの提供などの消費に対して法人や個人に課される税です。
医療法人と非営利型一般社団法人で基本的に計算方法に相違はありません。ただし、非営利型一般社団法人で特定収入(配当金など)がある場合は、計算が複雑になります。
相続税
医療法人は出資持分がある場合は取引相場のない株式の評価方法に準じて、出資持分がない場合は相続発生時に基金拠出がある場合のみ額面で評価し、相続税の申告をします。一方で、一非営利型一般社団法人では相続税は課税されません。
